سیستان از منظر زمین‌شناسی، یک دشت آبرفتی هموار و نسبتاً مسطح از رسوبات رودخانه‌ای و در مجاورت کویر است. دارای بهاری کوتاه و زودگذر است که به زودی جای خود را به تابستانی طولانی می‌دهد.