در پیام آیت الله علیرضا اعرافی آمده است: در آغاز سال نو خبر درگذشت مرحوم آیت الله حاج شیخ محمد محمدی ری‌شهری «قدس سره» مایه اندوه و تألم شدید گشت، چهره برجسته‌ای که خدمات گوناگون و ارزشمند ایشان فراموش نخواهد شد.

از یک سو کار‌های ماندگار علمی و تلاش ستودنی در احیای احادیث پیامبر اعظم (ص) و خاندان پاک وی با رویکردی نوین و ناظر به روزگار جدید و خلق و تدوین آثار و موسوعه‌های حدیثی ماندگار و نیز پایه ریزی موسسات علمی و حدیثی و تربیت و بکارگیری جمع کثیری از محققان وپژوهشگران علوم الهی و حوزوی از حسنات ایشان بشمار می‌رود.

 از سوی دیگر فعالیت‌های گوناگون اجتماعی، فرهنگی، سیاسی و نقش آفرینی در صحنه‌های یاری به انقلاب اسلامی و مردم شریف ایران در جایگاه‌های وزارت اطلاعات، مناصب قضایی، وکالت مردم شریف تهران در مجلس خبرگان رهبری، نمایندگی رهبری در بعثه و حج و زیارت و تولیت آستان مقدس حضرت عبدالعظیم (ع) و نیز همراهی با امامین انقلاب اسلامی نشانه‌های توفیقات زائد الوصف ایشان است.

افزون بر این‌ها صفای نفس، طهارت روح، وارستگی، پارسایی، حسن خلق، معاشرت نیکو و دیگر فضیلت ایشان زبانزد و نیز روشنگری و تبیین وی در دفاع از ارزش‌های اسلام و انقلاب اسلامی در نقطه‌های عطف و حساس شایسته تحسین است.

فقدان آن عالم فرزانه و مجاهد را به رهبری معظم انقلاب اسلامی، ملت شریف ایران، مردم عزیز تهران، روحانیت محترم، حوزه‌های علمیه، خانواده هایوابسته و بیت شریف ایشان تسلیت گفته، رفعت مقام و مغفرت بی پایان الهی را برای آن فقید سعید و شکیبایی و پاداش نیکوی الهی را برای بازماندگان محترم از خداوند ودود و رحیم خواستارم.

آیت‌الله محمد محمدی ری شهری نماینده تهران در دوره پنجم مجلس خبرگان رهبری و تولیت آستان حضرت عبدالعظیم حسنی (ع) در آخرین لحظات دوشنبه شب یکم فروردین ماه ۱۴۰۱ در ۷۶ سالگی در بیمارستان خاتم الانبیاء (ص) تهران به لقاء الله پیوست.