همکاران شهید فخری‌زاده از او به عنوان «ذوالفنون» یاد می‌کنند و رهبر معظم انقلاب در توصیف این شخصیت فرمودند «دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی کشور عنصر علمی کم‌نظیر بود».
سردار فرحی گفت: شهید فخری‌زاده به‌دنبال به‌کارگیری علوم شناختی در عالی‌ترین سطوح دفاعی ایران بود، همان علومی که اکنون به ابزار جنگی آمریکا مبدل شده است.