حاج آقا مصطفی خمینی در اول آبان ۵۶ به طرز مشکوکی به شهادت رسید، مرحوم آیت‌الله خاتم یزدی از آن روزگار و برخورد امام با این مساله به نقل خاطره پرداخته است.
جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در پیامی ضمن تسلیت ارتحال آیت‌الله امینی، این عالم ربانی را از برجستگان رجال علمی و چهره‌های موجه فقهی و اخلاقی حوزه‌های علمیه دانست.