نماینده مردم تهران، ری، شمیرانات و اسلامشهر با بیان اینکه این روزها بحث رای اعتماد به وزیر علوم است، گفت: مجلس ذائقه خود را در بازپس‌گیری رأی اعتماد خود به وزیر پیشین علوم نشان داد، آیا معرفی افرادی با ویژگی‌های آقای فرجی‌دانا عامل سردی روابط صمیمانه مجلس و دولت و آسیب‌رساندن به منافع نظام و سست کننده اعتماد ملت نسبت به مسئولان نیست.
در بیانیه بسیج دانشجویی دانشگاه آزاد شهر قدس تاکید شد: ما دانشجویان بسیجی و انقلابی پافشاری و اقدامات غیر قانونی در به کرسی نشاندن اهالی فتنه در وزارت علوم و فرو ریختن قبح فتنه 88 و بی‌اهمیت جلوه دادن فتنه گران را دهنکجی به رای نمایندگان مجلس اعلام می‌کنیم.
سخنگوی شورای مرکزی فراکسیون اصولگرایان رهروان ولایت مجلس با بیان اینکه تصمیم‌گیری نهایی این فراکسیون در مورد وزیر پیشنهادی علوم را منوط به جلسه بعد دانست و گفت: در این جلسه تصمیم‌گیری نهایی فردی و یا فراکسیونی اعضا در مورد دانش‌آشتیانی معلوم می‌شود.
عضو شورای مرکزی فراکسیون رهروان ولایت مجلس از حضور وزیر پیشنهادی علوم، تحقیقات و فناوری در جلسه صبح یکشنبه (25 آبان ماه) شورای مرکزی فراکسیون رهروان ولایت مجلس خبر داد.
سخنگوی کمیسیون آموزش، تحقیقات و فناوری مجلس از حضور فخرالدین دانش‌آشتیانی وزیر پیشنهادی علوم در جلسه آینده این کمیسیون برای پاسخ به سوالات نمایندگان خبر داد.
سخنگوی کمیسیون آموزش، تحقیقات و فناوری مجلس با بیان اینکه هیچگونه قدرت و اراده تعامل با مجلس برای انتخاب شخص مناسب برای تصدی پست وزارت علوم در دولت نمی‌بینم، گفت: متاسفانه دولت مشورت‌پذیر نیز نیست.
نائب رئیس کمیسیون آموزش مجلس، گفت: اظهارات اخیر مشاور فرهنگی رئیس جمهور نشان داد که تعاملش با مجلس بسیار محدود است و بر این اساس نمی‌تواند پست وزارت علوم را از آن خود کند.
جلسه رای اعتماد به وزیر پیشنهادی علوم صبح امروز چهارشنبه با حضور حجت الاسلام والمسلمین "حسن روحانی" رئیس جمهور و نمایندگان مجلس در صحن علنی مجلس برگزار شد.
پس از پایان جلسه رای اعتماد، صفحه منتسب به رئیس‌جمهور در توئیتر با اشاره به جلسه امروز مجلس نوشت: افکارعمومی قضاوت خواهد کرد. افکار عمومی ملت ما نه فاصله را می پسندد و نه خدای ناکرده لجبازی را می پسندد.
نائب رئیس اول کمیسیون آموزش مجلس با ابراز تاسف از معرفی نیلی از سوی رئیس جمهور، گفت: دولت باید نیروهایی را برای تصدی وزارت علوم معرفی کند که نگاه علمی و پژوهشی به دانشگاه‌ها داشته باشد و محیط دانشگاه‌ها را از فضای سیاسی دور کند.
نماینده مردم تهران در مجلس در انتقاد نوع عامل دولت با مجلس گفت: یکی از علل رای نیاوردن نیلی احمدآبادی رفتار دولت با مجلس بود چرا که لزومی ندارد رئیس‌جمهور در حین سخنان خود به مجلس گوشه و کنایه بزند.
وزیر پیشنهای علوم گفت: تا به امروز هیچ یک از همکاران و خود من چه در گذشته و تا به امروز خطوط قرمز ترسیم شده توسط مقام معظم رهبری را زیر پا نگذاشتند و نخواهند گذاشت.