هدف اصلی در اجرای عملیات کربلای ۳ تصرف و انهدام دو اسکله «الامیه» و «البکر» بود. اهداف فرعی این عملیات نیز تکمیل عملیات والفجر ۸ و کوتاه کردن دست دشمن بعثی از شمال خلیج فارس بود. مسیحالله توانگر از راویان دفاع مقدس، روایتی را از این عملیات و نمازی که در زیر آب خوانده شد، تعریف کرده است.