امام جمعه سرپل‌ذهاب گفت : دشمنان نظام و انقلاب امروز از توان دفاعی، موشکی و هسته‌ای کشور می ترسند و، چون توان مقابله ندارند به انجام ترور‌های ناجوانمردانه می‌پردازند .
امام جمعه بوشهر تاکید کرد: ترور شهید فخری زاده همانند دیگر ترور‌های شخصیت‌های انقلاب،دلیل روشنی بر تروریسم دولتی امریکا و رژیم صهیونیستی و مظلومیت ایران اسلامی است.
سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی در پیامی شهادت دکتر محسن فخری‌زاده، دانشمند هسته‌ای ایران را به محضر مقام معظم رهبری (مد ظله العالی) و همه مسلمانان تسلیت گفت.
امام جمعه مسجد مکی و مدیر حوزه علمیه دارالعلوم اهل سنت زاهدان با صدور بیانیه‌ای ترور محسن فخری‌زاده را ناجوانمردانه و ظالمانه توصیف و این اقدام را به شدت محکوم کرد.
براساس اظهار نظرهای مسئولان آمریکایی و اسرائیل و نیز توئیت دونالد ترامپ اینگونه برداشت می شود که ترور فخری زاده یک عملیات مشترک آمریکایی اسرائیلی بوده است.