با توجه به حجم وسیع معاملات از طریق سیستم الکترونیکی بانک ها تامین امنیت و جلوگیری از سوء استفاده ها و کلاهبرداری از مهمترین مقولات نظام بانکداری الکترونیکی است.
مرکز ملی امنیت سایبری انگلیس که به تازگی برای مقابله با حملههای سایبری به برخی از دستگاههای مهم دولتی این کشور تشکیل شده، ایران، روسیه و کره شمالی را به تلاش برای هک رایانههای این کشور متهم کرد.